色氨酸

例如，是否有專門為色氨酸選擇“ W”的原因（除了使用“ T”的事實以外）？

分配了其他19個氨基酸後，只剩下7個字母：B，J，O，U，W，X和Z。（當然 not 拼字遊戲手！）

如果要使用在氨基酸名稱中找到的字母，則唯一可用的字母是O。但是，從歷史上講，不鼓勵使用U和O，因為這些字母很容易與其他字母（U表示V； O表示G，Q，C，D和數字0）相混淆。

事實證明，之所以做出選擇是因為W是非常胖的字母，讓人聯想到色氨酸（唯一含有雙環系統的氨基酸）中存在的吲哚環系統。 （請參閱下面的源代碼。）

然後其他六個字母又發生了什麼事情？

現在所有26個字母都可以用作一個字母的代碼

發現氨基酸後，將硒代半胱氨酸和吡咯賴氨酸（後者僅在細菌中發現）分別指定為U和O。此外，B用於代表天冬氨酸或天冬酰胺； J用於代表亮氨酸或異亮氨酸； Z代表谷氨酸或谷氨酰胺；

我相信B和Z很有用，因為在蛋白質測序中，酸水解經常被用來破壞肽鍵。這具有水解天冬酰胺/谷氨酰胺中的酰胺基團的不良副作用，導致天冬氨酸/谷氨酸的形成，這意味著人們無法準確地判斷其起始時是哪個氨基酸。 J用於難以區分異亮氨酸和亮氨酸的NMR光譜中。

為什麼選擇字母呢？

據我所知，IUPAC和IUB（自1991年以來，IUBMB）在1983年關於“氨基酸和肽的命名法和象徵主義”的聯合建議中均採用了一個字母的符號。 ^{1 sup> ankit7540對歷史發展的簡要總結已經提到了這些建議。}

尤其是，第3AA-21.2節“代碼符號”中說明了為什麼使用這些字母選擇。該文件可能是此問題上最權威的立場。基本原理與Jan的答案基本相符：

在沒有歧義的情況下，選擇了氨基酸名稱的首字母。這樣的情況有六種：半胱氨酸，組氨酸。異亮氨酸，蛋氨酸，絲氨酸和纈氨酸。所有其他氨基酸共享首字母A，G，L，P或T，因此可以進行任意分配。這些字母被分配給最常見和結構最簡單的氨基酸，其首字母為丙氨酸（A），甘氨酸（G），亮氨酸（L），脯氨酸（P）和蘇氨酸（T）。

其他分配是基於關聯進行的，可能有助於記住代碼，例如F代表苯丙氨酸的語音聯想，R代表精氨酸的語音聯想。對於色氨酸，分子的雙環與龐大的字母W相關。字母N和Q分別分配給天冬酰胺和谷氨酰胺； D和E分別為天冬氨酸和谷氨酸。剩下的兩個氨基酸，賴氨酸和酪氨酸選擇了K和Y，因為在剩餘的幾個字母中，它們按字母順序緊靠名稱的首字母。避免使用U和O，因為在手寫材料中U容易與V混淆，而在不完善的計算機打印輸出中O容易與G，Q，C和D混淆，也容易與零混淆。避免使用J是因為它在幾種語言中都沒有。

對於部分確定的序列，通常還需要另外兩個符號，因此，在未區分B時，將B分配為天冬氨酸或天冬酰胺。 Z類似地分配給谷氨酸或谷氨酰胺。 X表示氨基酸的身份不確定，或者該氨基酸不典型。

一個人只能假設它們的含義是“可能有助於記住代碼的關聯”。對於N / Q / D / E。我最好的猜測是：

• D和E可能被選為天冬氨酸和谷氨酸，因為它們是剩下的唯一連續的一對字母，強調了它們的化學相似性。天冬氨酸比谷氨酸短一個亞甲基（CH _{2 sub>），因此它的字母早於D。}
• 谷氨酰胺聽起來像Q-tamine。如果您覺得聽起來不一樣，請重複50次，直到您這樣做為止。
• AsparagiNe被分配為N。

參考

1. IUPAC-IUB生化命名聯合委員會。氨基酸和肽的命名法和象徵意義：1983年建議。 FEBS J。 1984， 138 （1），9-37。 DOI：10.1111 / j.1432-1033.1984.tb07877.x。可在此地址上找到HTML版本（也許對用戶更友好）。

從某些角度看，某些不是氨基酸起始字母的單字母代碼實際上是有意義的。以下是從bloomin顯而易見的列表開始：

• G-甘氨酸
• A-丙氨酸
• V-纈氨酸
• L-亮氨酸
• I-異亮氨酸
• P-脯氨酸
• S-絲氨酸
• T-蘇氨酸
• C-半胱氨酸
• H-組氨酸
• M-蛋氨酸

某些氨基酸的字母暗示著該名稱的含義而不是書面：

• F —苯丙氨酸（以/ f /開頭）
• R —精氨酸（第一個音節可以是 are 或字母 R 的發音）
• N-蘆筍 n e ^{[1] sup>}

一個氨基酸用第二個字母標記（如果您在上面計算精氨酸，則用兩個字母標記）：

• Y —酪氨酸

一些字母在其起始字母附近標有字母，因為採用了實際的起始字母：

• K —賴氨酸（L已經是亮氨酸）
• E —谷氨酸（F和G被帶走； H和I也被帶走。E至少是名字的字母）
• D-天門冬氨酸（基本上是E的簡寫形式，谷氨酸）

其中我們留下了色氨酸和谷氨酰胺。谷氨酰胺是另一種非常有彈性的谷氨酸鹽：

最後，對於色氨酸，他們決定採用分子的實際形狀。你沒看到嗎？在這裡是：

• W —色氨酸

實際上，也許這只是巧合，因為他們扔了一個剩下字母的硬幣；用於谷氨酰胺和色氨酸。但是我喜歡這個解釋。

請參閱 IUPAC-IUB生化命名委員會氨基酸序列的一個字母表示法 《生物化學雜誌》 卷。 243卷，第13期，第3557-3559頁，1968年7月10日。：

1958年，Gamow和Ycas（2）提到了使用單字母符號的可能性。 由Šorm等人（3）在1961年系統化。該小組（4-10）和Fitch（11）在有關蛋白質結構的幾篇論文中都使用了它。在蛋白質結構的廣泛彙編中，Eck和Dayhoff（參見參考文獻12至14）系統地使用了一個由部分字母Šorm和Keil的代碼衍生的單字母符號。 Wiswesser（15）和Braunstein提出了獨立的建議。

...

3.2在沒有歧義的情況下，使用首字母。有六種這樣的情況：半胱氨酸，組氨酸，異亮氨酸，蛋氨酸，絲氨酸和纈氨酸。所有其他氨基酸共享首字母A，G，L，P或T；因此，它們的分配必須有點隨意。這些字母被分配給最常出現且結構最簡單的氨基酸。在此基礎上，字母A，G，L，P和T分別指定為丙氨酸，甘氨酸，亮氨酸，脯氨酸和蘇氨酸。

3.3其他縮寫的分配更為隨意。但是，某些線索會有所幫助。在語音上有兩個暗示，F代表苯丙氨酸，R代表精氨酸。對於色氨酸，分子中的雙環與龐大的字母W相關聯。字母N和Q分別分配給天冬酰胺和谷氨酰胺。 D和E分別指天冬氨酸和谷氨酸。剩下賴氨酸和酪氨酸，其中K和Y分配給它們。選擇它們而不是其他幾個剩餘字母，是因為它們在字母上最接近初始字母L和T。避免了U和O，因為在手寫中U容易與V混淆 工作和O在不完美的計算機打印輸出中與G，Q，C和D混淆，也與零混淆。由於語言原因，避免使用J。

3.4為了避免歧義，還必須使用另外兩個縮寫。當尚未確定該區別時，將B分配為天冬氨酸或天冬酰胺。當不區分谷氨酸和谷氨酰胺時，指定Z。 X表示氨基酸的身份不確定或該氨基酸不典型。

三個字母的名稱位於單個字母代碼之前。這三個字母的代碼本身經過了一些改進和修訂，最終在HBF Dixon的領導下被IUPAC和國際生物化學聯合會接受。後來提出了單字母代碼。 （顯然，因為編寫它們很累）。該提議來自捷克的生物化學家。 （請檢查氨基酸命名法的歷史）

後來，在1994年（在IUPAC和IUB的一次類似會議上）推薦並接受了單字母代碼。該建議可以在氨基酸命名建議中找到，也可以在 NCBI中找到。在接受了這一新術語後，幾家主要出版物發表了新指南。

我是一個年長的生物化學家，甚至更年長的生物化學家都曾教過我，而命名法的奧秘通常是基於可能使人變得愚蠢的傻事。我被告知，由於聲音的緣故，確實選擇了天冬氨酸和山acid酸雙酚A。但是由於命名法是由一個國際組織決定的，因此不太可能被引用為官方原因.....